Yagyu Bugeicho: Kengo Midare Gumo – 1963 – Com o país em perigo, Lord Yagyu Tajima chama seu filho Jubei para recuperar os Místicos Segredos Yagyu para salvar todos do Japão. No 33º memorial anual pela morte de Imperial Price Takahito, um ex-membro do clã Yagyu confessa o assassinato do príncipe e, em seguida, comete suicídio.
Temendo que isso pudesse causar uma guerra entre a Corte Imperial e o Shogunato, Jubei procura os pergaminhos para encontrar as respostas. No entanto, existem outras forças trabalhando na tentativa de iniciar esta guerra civil.